中國科學院地質與地球物理研究所是1999年6月由中國科學院地質研究所（1951年在南京成立，其前身為 1928年成立的中央研究院地質研究所和1913年成立的中央地質調查所）和中國科學院地球物理研究所（1950年在南京成立，其前身為1928年在南京成立的中央研究院氣象研究所和1929年在北京成立的國立北平研究院物理研究所）整合而成，2004年中國科學院蘭州地質所并入本所，成立中國科學院地質與地球物理研究所蘭州油氣資源研究中心。同年，中國科學院武漢物理與數學研究所電離層研究室整體調整到本所。整合后的地質與地球物理研究所是目前中國最重要和最知名的地學研究機構之一。